연세대학교 대학원 물리치료학과는 1994년 대학원 임상병리학과 내 재활학 전공으로 시작되었다. 1996년 대학원 재활학과 물리치료학 전공으로 독립 승격 되었으며 2012년에 물리치료학과 작업치료학과로 분리되었다. 본 학과는 물리치료학의 발전에 필요한 과학적 이론의 학습, 임상 기술 및 연구가 통합된 교육체제를 가지고 있으며 물리치료학 석사과정, 박사과정, 그리고 석-박사 통합과정으로 운영되고 있다. 본 대학원의 교육목표는 물리치료의 학문적·임상적 발전에 기여할 수 있는 역량 있는 연구자, 교수인력, 관리자를 양성함에 있다.

대학원 물리치료학과에는 각 교수들의 중점 연구 분야에 따라, 표면근전도 연구실, 운동분석 인체공학 연구실, 신경계 재활 및 운동조절 연구실, 운동 분석 인체공학 연구실, 응용운동학 연구실, 운동손상·스포츠 과학연구실, 장애 평가 도구 개발 연구실 이 있으며, 서로 유기적으로 교육프로그램의 운영 및 연구 활동을 수행하고 있다. 양적 질적 측면 모두 국내 물리치료 학과 중 최고의 연구 성과를 가지고 있을 뿐 아니라 세계적 수준의 연구력을 보유하고 있다. 주요 연구 장비로는 삼차원 동작 분석시스템, 표면근전도, 등속성 운동 측정장비, 초음파검사기기, 뇌파검사기기 등이 있다.

총 490명의 석사와 266명의 박사를 배출하였고 이 중 71명이 전국의 여러 대학에서 교수로 재직하며 물리치료 교육의 미래를 위해 일하고 있다. 2023년 1학기 현재 물리치료학과에서 소속된 대학원생은 석사 42 명, 박사 28명, 석박사 통합 18명이다.